体調を崩してしまってお休みを頂いても、それは仕方のないことですから、あまり気に病まないようにしてくださいね。
原因が手術したことであれば尚更です。
シフトが決まった後ということでしたので、それなりの負担はかかるかと思いますが、常識のある人であれば理解してくれますよ。
辞めたいけれど嫌われるのが怖い、ということですが、職場の方たちとは仕事以外でもお付き合いすることがあるのでしょうか。もし無いのであれば、思い切って辞めてしまうことをおすすめします。
お付き合いがあるのであれば、詳しい事情を知らない私が言えることはあまり無いのですが、「辞めたい」と思いながら働いていてもkさんにも職場の方たちにも良いことはないと思うのです。
職場で仲良くなった人に、辞めたい気持ちを聴いてもらってはいかがでしょうか。何かよい解決方法が見つかるかもしれませんよ。